纳米抗体智选服务
1 产品概述
本产品通过数字化抗体文库构建和分子对接技术,结合先进的MegaDock、HDock、AlphaFold 3等工具,能够高效、精准地筛选出有效识别抗原线性表位和构象表位的高亲和纳米抗体。这种新兴的筛选技术正逐渐成为纳米抗体研究的一个重要方向,有望推动纳米抗体在生物医学领域的应用和发展。
2 产品筛选流程
2.1 纳米抗体文库的准备
根据天然纳米抗体序列特征,对CDR1和CDR2中序列部分随机化,CDR3则彻底随机化,形成含1×108条独特序列的突变纳米抗体文库,随后使用NanoNet对序列逐一进行三维结构建模,构建合成纳米抗体文库。
2.2 MegaDock初步对接筛选
Megadock作为初筛工具,能够模拟纳米抗体识别抗原线性表位的过程,快速分析大规模蛋白互作数据。通过高效对接模拟筛选出潜在意义较大的蛋白互作数据。选择Top 200进入下一轮筛选。
2.3 HDock精细化对接筛选
HDock对初筛结果进行更为精细的筛选,能够模拟纳米抗体识别抗原构象表位的过程。依据结合能的绝对分值,评估蛋白互作的稳定性和亲和力,进一步缩小筛选范围,锁定表现优异的候选数据。选择Top 10进入下一轮筛选。
2.4 AlphaFold一对一精准分析
AlphaFold在最终的精细分析中发挥关键作用,通过计算pTM和ipTM值,从抗原蛋白-纳米抗体复合物结构预测和结合界面建模方面验证筛选结果的可靠性和生物学意义。
3 拟交付结果
1 | 抗原蛋白的三维结构模型,并提供建模评分 |
2 | 合成纳米抗体文库信息,包括纳米抗体序列和PDB文件 |
3 | 抗原蛋白与纳米抗体的MegaDock对接原始数据 |
4 | 抗原蛋白与Top 200 纳米抗体的HDock对接原始数据 |
5 | 诱饵蛋白与Top 10 纳米抗体的AlphaFold 3评估原始数据 |
6 | 全数据Excel表格及项目服务报告 |
7 | 交付至少5条AlphaFold 3 总分≥0.75的纳米抗体序列 |