生成式互作蛋白筛选

1 产品概述

本产品旨在利用前沿的生成模型RFdiffusion从头设计人造高互作蛋白质，并结合Foldseek、HDOCK和AlphaFold 3等先进工具，对天然蛋白质进行筛选和验证。我们将这套新型计算工作流程命名为InterProDesign（IPD，Interaction Protein Design）。通过IPD能够更加高效且精准地筛选出与诱饵蛋白相互作用的天然蛋白，为进一步的实验验证提供重要参考。

2 产品筛选流程

2.1 RFdiffusion设计互作蛋白

首先，利用RFdiffusion生成模型，基于已知的诱饵蛋白结构从头设计100条可能与之高互作的蛋白质。RFdiffusion模型通过对蛋白质结合热点的推断，生成具备合理结构的蛋白质候选。

2.2 Foldseek搜索天然蛋白

将生成的100条互作蛋白分别输入Foldseek工具，针对目标物种的蛋白质三维结构数据库，寻找结构相似的天然蛋白。Foldseek通过比对蛋白质三维结构，基于结构相似性计算出bit score（仅保留bit score大于50的匹配结果），并按分数高低排序。

2.3 量化结合能评价和整体结构评估

对于上一轮Foldseek筛选出的高分天然蛋白，使用HDock工具评估它们与诱饵蛋白之间的结合能，筛选出结合能较高的天然蛋白。接着，使用AlphaFold 3进一步评估这些互作蛋白与诱饵蛋白的整体复合结构的置信度。

2.4 最终筛选天然互作蛋白

通过排列结合能和整体结构评估结果，筛选出最有可能与诱饵蛋白相互作用的天然蛋白。最终结果将为后续实验提供重点目标，显著降低了实验筛选的工作量和成本。

3 拟交付结果