蛋白质亲和力定向进化服务

1 产品概述

本产品专注于优化配体蛋白，使其在整体构象保持不变的前提下，与受体蛋白之间的结合亲和力和稳定性得到显著提升。基于前沿的计算设计工具，尤其是ProteinMPNN，我们能够在对蛋白质全长或局部关键区域进行优化的过程中，确保蛋白功能和结构的完整性。服务以结构为核心，结合深度学习驱动的序列优化工具和高精度的结合能分析方法，通过对配体蛋白的关键互作位点进行定向设计，快速生成优化方案。本产品广泛适用于药物靶点蛋白优化、工业酶设计、抗体及抗体片段优化，以及分子识别等生物工程领域。服务具有高效性、精确性和定制化的显著优势，能够显著缩短实验验证周期，降低研究成本，并为客户提供量身定制的优化方案。在快速迭代设计与筛选的支持下，我们可帮助客户获得具有高亲和力和稳定性的蛋白质，满足各种科研和工业应用需求。

2 产品筛选流程

2.1 确定改造区域

精确构建配体蛋白-受体蛋白的复合模型，分析二者的关键互作位点和功能域。在此基础上，确定对配体蛋白的全长或部分区域序列进行靶向优化。

2.2 ProteinMPNN迭代设计

以优化后的复合模型为基础，采用ProteinMPNN工具对配体蛋白进行序列设计。在保证整体构象和关键结构域（如功能性残基）不变的前提下，优化其他位点，通过调整氨基酸组成，输出待评估配体蛋白。

2.3 HDOCK结合能评价

对每轮改造后的候选蛋白进行结合能评估，量化其与受体蛋白的结合稳定性。通过能量评分筛选亲和力最佳的设计方案（结合能越低，结合越稳定）。

2.4 AlphaFold整体评价

利用AlphaFold对优化候选蛋白与受体蛋白复合体进行结构预测，分析其整体置信度和综合得分。以原始配体蛋白-受体蛋白复合体结果为对照，若优化方案得分低于对照，则重新进入ProteinMPNN迭代设计，再次改造进化。若得分高于对照，则输出新型配体蛋白序列。

3 拟交付结果